目前已設有碩士在職專班4班，分別為：
管理碩士在職專班 http://emba.thu.edu.tw/recruit/index.php 企業管理學系高階企業經營碩士在職專班 http://www2.thu.edu.tw/~ba_emba/emba_student.htm 會計學系碩士在職專班 http://acc.thu.edu.tw/emba_1.php 財務金融學系碩士在職專班 http://www2.thu.edu.tw/~fin/96/
